Hay que hacer cola en el muelle para subir a uno de los barcos que hacen el tour. Es recomendable madrugar para ver todas las aves y los animales que habitan en las islas, ya que a primera hora de la mañana están dormidos y se encuentran fuera del agua, y según va a avanzando el día puede hacerse más difícil verlos. Así que desde las 8 de la mañana se puede hacer el tour.
El mejor lado para ver los animales es el lado izquierdo de la barca, ya que al llegar las islas se encuentran en ese lado. También en el lado izquierdo se sitúa el famoso candelabro, un geoglifo «pintado» sobre la arena, que lleva miles de años y no se ha borrado nunca. Tiene una similitud con las líneas de Nazca, pero no se sabe a qué cultura podría pertenecer esta figura, y sigue siendo un misterio.
En cuanto a las aves, la especie de cormoranes guanay habitan en las islas, entre otras. El excremento de estas aves fue denominado «el oro blanco de Perú», ya que es un gran fertilizante que se exportaba y que salvó al país de la deuda externa. Pero como consecuencia de la pesca de la anchoveta (lo que comen los cormoranes principalmente), la población de cormoranes ha disminuido considerablemente, y ahora solo se recolecta el guano (los excrementos) cada siete años.
Al volver del tour por las islas Ballestas, puedes disfrutar de la playa y hacer kayak. Así, estos son los motivos por los que es muy recomendable la visita a la ciudad de Paracas, a su Reserva Nacional y a las islas Ballestas.